Krankheit mit Tabula Muris verstehen - Die Open Source-Datenbank von Chan Zuckerberg Biohub

In diesem neuen Open Science-Artikel haben wir uns mit einer Open Source-Datenbank namens Tabula Muris befasst, und wie sie wesentlich zum Verständnis von Krankheiten für ihre Vorbeugung oder Heilung beitragen kann.

Aber bevor wir das tun, möchten wir kurz die Chan Zuckerberg Initiative von Priscilla Chan und ihrem Ehemann Mark Zuckerberg vorstellen, die wir bereits als Gründer und CEO von Facebook kennen.

Die Initiative wurde am 1. Dezember 2015 mit dem Schwerpunkt auf der Unterstützung der Wissenschaft durch biomedizinische Grundlagenforschung und Bildung durch personalisiertes Lernen gegründet. Es ist zu 99% mit Facebook-Aktien ausgestattet, die zu 45 Milliarden US-Dollar verpfändet sind.

Das folgende Video beschreibt seine bisherige Reise:

Der Chan Zuckerberg Biohub, eingetragen als „CZ Biohub“, ist Teil dieser Initiative, die separat betrieben wird. Forscher der Stanford University, von Chan Zuckerberg Biohub, des Gesundheitssystems Palo Alto in Virginia und der University of California bildeten ein Team und erstellten eine umfassende Open-Source-Datenbank mit Mauszellen, die sie Tabula Muris ("Mausatlas") nannten.

Der Biohub forscht nach diesen einfachen Idealen:

  • Helfen, große Gesundheitsprobleme zu lösen, indem Sie die besten und intelligentesten Biologen, Wissenschaftler, Ingenieure und Technologen finden und unterstützen.
  • Eine Kultur, die geistige Freiheit und Zusammenarbeit betont.
  • Bereitstellung der besten wissenschaftlichen Tools für ihr Team.
  • Die richtigen wissenschaftlichen Werkzeuge erfinden, wenn sie nicht zur Hand sind.

Warum ist diese neue Open Source-Datenbank so wichtig für das Verständnis von Krankheiten?

Hinter jeder vorbeugenden Maßnahme oder Heilung steht, wie gut eine Krankheit verstanden wird, um sie zu behandeln oder zu behandeln.

Bevor wir den Inhalt dieser Datenbank kennen, ist es wichtig zu wissen, was ein Mausmodell ist. Ein Mausmodell ist äußerst nützlich, da sich Mensch und Maus genetisch und genomisch sehr ähnlich sind und viele krankheitsbedingte Gene nahezu identisch sind. Wenn Sie also eine Heilung für eine Mauserkrankung entdecken, öffnet sich ein neuer Weg und es besteht eine hohe Wahrscheinlichkeit, dass Sie mit der gleichen Methode arbeiten können, um einen ähnlichen menschlichen Zustand zu behandeln.

Daher ist klar, warum eine Open Source-Datenbank wie Tabula Muris wesentlich dazu beitragen kann, dieses Mausmodell effektiv zu nutzen und zu stärken.

DOI: 10.1038 / s41586-018-0590-4

Die Datenbank besteht aus ca. 15 GB Open Source-Datensätzen, die in Figshare verfügbar sind, einer offenen Plattform für den Austausch von Forschungsdaten. Code und Anmerkungen sind auf GitHub verfügbar.

Dieser „Mausatlas“ besteht aus einzelligen transkriptomischen Daten des Modellorganismus Mus musculus (der wissenschaftliche Name für Maus), der mehr als 100.000 Zellen aus 20 Organen und Geweben umfasst.

Die Tabula Muris ist zwar noch nicht erschöpfend, hat aber eine solide Grundlage für zukünftige Studien in verschiedenen physiologischen Disziplinen gelegt.

Wenn wir uns einige Schlussfolgerungen aus der Vergangenheit ansehen, die auf Mausmodellen zur Bekämpfung von Krankheiten basieren, ist es für uns einfacher zu verstehen, warum die Datenbank bei der Untersuchung aller dieser Modelle so hilfreich sein kann.

Krankheitsforschung nach Mausmodell

Alzheimer-Erkrankung

Das Papier kam zu dem Schluss, dass es mehrere Mausmodelle gibt, die in präklinischen Studien verwendet werden, und obwohl sie ein wertvolles Instrument sowohl für die Prüfung neuer Medikamente als auch für die Entschlüsselung der Pathophysiologie der Alzheimer-Krankheit darstellen, müssen sie verbessert werden, um eine bessere Extrapolation der erzielten Ergebnisse zu ermöglichen die Klinik.

DOI: 10.3233 / jad-170045

Diabetes

In seinem letzten Absatz schloss das Papier seine Diskussion über effektive Mausmodelle ab, um Diabetes und adipositasbedingte Nierenerkrankungen zu verstehen und neue Diagnose- und Behandlungsstrategien zu entwickeln. Diabetes, Fettleibigkeit und Nierenerkrankungen sind miteinander verbunden.

DOI: 10.1371 / journal.pone.0162131

Herzfehler

Die Schlussfolgerung dieses Papiers betont, dass relativ einfache Modifikationen im experimentellen Design von Tiermodellen für Herzinsuffizienz das Potenzial haben, ein besseres Verständnis der Komplexität des klinischen Herzinsuffizienz-Syndroms zu ermöglichen, das zu klinischen Fortschritten unter Verwendung der derzeit verfügbaren Technologien führen kann.

DOI: 10.1242 / dmm.005017

Krebs

Dieses letzte Papier zeigt die Bedeutung einer Open Science Initiative wie Biohub. Es handelt sich um ein multikompetentes Team aus Tumorbiologen, Pathologen und Klinikern sowie Experten für Tissue Engineering und regenerative Medizin, Systembiologie, Biomaterialien, biomedizinische Bildgebung, Pharmakologie, Ingenieurwissenschaften, Physik, Materialwissenschaften und Bioinformatik, die sich zusammenschließen, um die präklinische Leistungsfähigkeit zu verbessern Mausmodell-Design, das der Vision der Herstellung von Tabula Muris sehr ähnlich ist.

DOI: 10.1016 / j.tibtech.2017.12.001

Wenn man sich all diese Schlussfolgerungen ansieht und sich auf die Datenbank zu Figshare bezieht, kann man sich auf seine Bedeutung als neue Plattform für Studenten und Forscher beziehen, um auf der Verbesserung des Mausmodells aufzubauen.

Zusammenfassung

Deshalb haben wir in diesem Artikel Tabula Muris kurz besprochen und auch versucht, ihre Bedeutung zu verstehen, indem wir sie mit Forschungsarbeiten zu Krankheiten in Verbindung brachten, die vom Mausmodell getrieben werden.

Bitte teilen Sie uns im Kommentarbereich unten mit, ob Sie Feedback oder Anregungen zu diesem neu erhältlichen "Mausatlas" haben.

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